微生物肥料的作用是综合性的。首先它能增加肥力，这是作为微生物肥料的主要功效。微生物的生命活动与土壤肥力之间的关系是肯定的，但由于一些研究不到位，有的机理还不能完全阐明；其次是能协助农作物吸收营养，如根瘤菌能在根瘤中固定氮素并被植物吸收，既能全部利用又无污染问题。AM真菌是一种土壤真菌，它与多种植物根系共生，其菌丝可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，尤其磷的吸收最明显；微生物肥料还可以增加植物的抗病虫害和抗旱能力。利用微生物肥料的另一个作用是减少化肥的使用量，同时提高作物品质。

　　生产微生物肥料所用菌必须是安全的。菌种首先必须对人、动物、植物无急性、恶急性病害，其次要有一定的功效。优良菌株很重要，因为同一种菌，经过筛选或诱变，可以筛选到作用更强的菌株。菌种应用要科学、合理。有的肥料产品将大豆根瘤菌用于禾本科作物如玉米等，这是十分可笑的。芽孢类菌组合也应做试验，有些种类不适宜组合，有些菌的安全性也应检定。微生物肥料不要长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物，有些产品不宜与化肥混用，更不能与杀菌剂混用。

　　微生物肥料发展很快，但不可能解决生产中的全部问题，是应该大力发展的肥料品种。